Поскольку прикрепленные беспозвоночные не могут передвигаться или делают это крайне медленно, движение воды вокруг них - очень важный фактор жизни и здоровья. Потребности в интенсивности течения каждого вида животных различны, что особенно необходимо учитывать при выборе места. Течение приносит пищу и кислород, и уносит ядовитые отходы, поэтому в стоячей воде сидячие беспозвоночные долго не проживут. Последнее относится как к крупным, искусственно внедренным в аквариум, животным, так и к микроскопическим, живущим на живых камнях. Таким образом, постоянное движение воды в аквариуме должно составлять, как минимум, три-четыре объема в час. Его и образуют перемешивающие помпы.

По сложности можно выделить три типа помп: так называемые PowerHead с постоянным потоком воды; помпы с блоком управления, позволяющим программировать различную силу потока воды (при этом возникают «завихрения» воды, течение в аквариуме непредсказуема - таким образом, омываются почти все поверхности. Кроме того, блок управления позволяет уменьшить оборот воды ночью, когда многие обитатели аквариума ложатся спать); «Система волн» имитирует настоящий прибой, жизненно необходима для содержания некоторых видов животных, а для остальных - просто отличный вариант течения. Этот вид влияет и на визуальное восприятие аквариума: когда его прикрепленные обитатели шевелятся в такт волн, картина «моря в доме» становится полной. Возможно и подключение к компьютеру, и тогда силу прибоя можно регулировать вручную от полного штиля до тропического шторма.